secondo me ti converrebbe addirittura usare un database tipo mysql, è gratuito e fa le cose che dici in poco tempo, senza dover ricorrere a file di testo (esistono librerie già fatte per poterci accedere tranquillamente).
se non hai esperienza di database allora il file ti conviene strutturare il file con tag XML, dato che ci sono anche per questo librerie semplicissime tipo JDOM per leggerli e scriverli.
leggendo un po di codice da questo sito capisci al volo:

http://www.codicefacile.it/tutorials..._XML/category/

spero di esserti stato d'aiuto
ciaooo