Si scusa, non lo avevo notato. Comunque se non imposti un'altezza della tabella, l'altezza della riga non riesce a trovare un riferimento e rimane alta al valore di default. Come hai visto se invece imposti height="100%" funziona tutto correttamente.
codice:
		<table id="main" width="80%" height="100%"  border="1">
			<tr id="rowHeader">
			  <td height="15%">ciao </td>
			</tr>
			<tr id="rowContainer">
			  <td height="70%">miao </td>
			</tr>
			<tr id="rowFooter">
			  <td height="15%">bau </td>
			</tr>
		</table>