Originariamente inviato da nicola75ss
Visto che hai una chiave primaria, gli ultimi 100 record saranno quelli con l'id maggiore.
Quindi per rimuovere i record più datati ti basta fare:

codice:
delete from tabella where id < (select * from (select id from tabella order by id desc limit 99,1) as tab)
Per precauzione prova la query su una copia di sicurezza della tabella.
C'era una svista.