Si, ma ci sono delle contro indicazioni!

Innanzi tutto si fa fare un sacco di lavoro inutile al server che è costretto a eseguire quella data pagina che "genera" i CSS e/o il Javascript per OGNI pagina del sito, cosa che si fa sentire parecchio in termini di risorse infatti, automaticamente, si DUPLICA/TRIPLICA il numero di richieste al server che deve passare da php.

Per fare queste cose è conveniente non modificare i CSS ma piuttosto far includere un file CSS ad hoc contenente le variazioni di colore e l'inclusione si può gestire tramite php (che è già eseguito per la pagina principale). Se poi sono dinamici fai scrivere a PHP un pezzetto di codice CSS dentro i tag style nella pagina contenente i colori da cambiare.

O, ancora, il codice javascript che deve generare PHP può benissimo essere generato nella stessa pagina, in fondo, cosi da non rallentare/bloccare l'esecuzione del browser che parsa il codice javascript, evitando di fare richieste in più che pesano.

Anche perché, poi, in tutto questo si ci mette di mezzo anche la cache cosi che mentre, normalmente, i CSS e i file Javascript vengono messi in cache e quindi dopo il primo accesso non vengono più richiesti facendo risparmiare tantissime risorse, in quel modo la cache va gestita manualmente complicando, non di poco, tutta la gestione