allora, nelle ultime release di mootools c'è proprio un sistema per evitare il conflitto.

Devi scaricare l'ultima versione di mootools e nella pagina importare prima jQuery, e poi mootools.

La differenza del codice consiste nel non usare più $() per ottenere un elemento dall'id (o per aggiungere le funzionalità di mootools) ma di usare document.id(), lasciando $() a jQuery.
In questo modo non c'è più il conflitto.

Quindi, devi modificare lo script che usa MooTools in modo che i $() diventino document.id().