dovresti filtrarli: o li traslitteri (es.: à -> a, è -> e, ...) oppure li elimini (str_replace, p.es.)... un'altra possibilità (se vuoi mantenerli virtualmente) e di codificare e stringhe come sequenze numeriche in base al codice "ascii" (per i soli caratteri speciali o anche per tutti), p.es. "lì" potrebbe essere codificato come 6c8d (usando la codifica esadec.)