una soluzione "automatica" non mi sovviene... per farlo "manualmente" non ci sarebbero troppi problemi... alcune possibilità per attivare i siti "copia":

1) predisponi una cartella "template" contenente la struttura da duplicare e fai una copia fisica dei file su una cartella nuova (es.: da "/template" a "/nomeutente"): è sufficiente che tutti i link interni siano realizzati con percorsi relativi perchè siano automaticamente corretti;
2) se le personalizzazioni successive avvengono tramite interfaccia web, l'intero sistema può semplicemente sfruttare un parametro (p.es. una var di sessione) che indica quale sito è visualizzato e quindi inserisce i contenuti dinamicamente in base a tale valore; per i link si può usare una riscrittura tramite .htaccess che mandi le chiamate di "/nomeutente/*" su "/template/?site=nomeutente" o qualcosa del genere.