Un consiglio utile in caso di soluzioni con più progetti dentro:

Cercare di dividere il codice in più progetti dll dentro alla stessa soluzione.
Cercare di non utilizzare il codice di un progetto dll da un'altro progetto dll.
Ovviamente le dll devono essere referenziate dal programma principale.

In questo modo, quella opzione che hai impostato prima lavora alla grande e quindi hai una compilazione multithreaded altrimenti va tutto single threaded e in sequenza uno dopo l'altra.
Già il fatto che i tempi di compilazione migliorano significa che alcune dll non dipendono da altre dll o dipendono poco per cui si riesce a compilare parzialmente in multithreaded.
Ciao.