a parte che hai postato un po' troppo codice :) ...

potersti fare così: crea un file "counter.txt" (anche nella stessa cartella degli altri file) con permessi di lettura/scrittura che contiene il solo carattere "0" (zero), poi quando assegni il nome anzichè:

Codice PHP:
If($random_name){
$file_name[$i]=1;
} Else {
$file_name[$i]=cln_file_name($_FILES['file']['name'][$i]);

fai:

Codice PHP:
$counterfile '........./counter.txt'// vedi un po' se indicare una cartella...
If($random_name){
$counter file_get_contents($counterfile);
file_put_contents($counterfile, ++$counter);
$file_name[$i]=$counter;
} Else {
$file_name[$i]=cln_file_name($_FILES['file']['name'][$i]);