a parte che hai postato un po' troppo codice :) ...
potersti fare così: crea un file "counter.txt" (anche nella stessa cartella degli altri file) con permessi di lettura/scrittura che contiene il solo carattere "0" (zero), poi quando assegni il nome anzichè:
Codice PHP:
If($random_name){
$file_name[$i]=1;
} Else {
$file_name[$i]=cln_file_name($_FILES['file']['name'][$i]);
}
fai:
Codice PHP:
$counterfile = '........./counter.txt'; // vedi un po' se indicare una cartella...
If($random_name){
$counter = file_get_contents($counterfile);
file_put_contents($counterfile, ++$counter);
$file_name[$i]=$counter;
} Else {
$file_name[$i]=cln_file_name($_FILES['file']['name'][$i]);
}