sinceramente non capisco il perchè non ti carichi gli zip e mentre gli altri te li carica senza problemi.. cmq dando un occhiata alla classe mi pare che tramite
Codice PHP:
 $handle->file_src_name_ext; 
dovresti ricavare l'estenzione, quindi:

Codice PHP:
 if($handle->file_src_name_ext!="exe"){
  //carica il file

}