Ciao, io farei così:
1)crei una gif animata come immagine di caricamento con display:none di default e la posizioni di fianco alla select e gli assegni un id
2)quando lanci la chiamata ajax tramite document.getElementById imposti a none la proprietà display della tendina e contemporaneamente imposti a block oppure inline la proprietà display dell'immagine di caricamento
3)Al termine della chiamata ajax appena termini di popolare la select fai l'inverso quindi visualizzi la select e fai scomparire l'immagine
In questo modo la gif sarà visualizzata al posto della select per tutta la durata della chiamata ajax.
spero di essre stato abbastabnza chiaro.
Fabio