Non avevo compreso il problema. Prova così (ho inserito per far prima il css all'interno)
codice:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1252">
<title>...</title>
<meta http-equiv="keywords" content="...">
<meta http-equiv="description" content="..." >
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/stile_home.css">
<style type="text/css">
body {
	background-color: #000;
	margin:0;
	text-align:center;
}
#main {
	width: 600px;
	margin:0 auto;
	position:relative;
}
#imm {
	position:absolute;
	width:600px;
	height:450px;
	top:0px;
	left:0px;
	z-index:1
}
#ifra {
	width: 324px;
	height:127px;
	position:absolute;
	top:294px;
	left:248px;
	z-index:2
}
</style>

</head>

<body>
<map name="map">
<area shape="rect" coords="68,304,101,341" href="home.html" alt="">
<area shape="rect" coords="156,302,214,326" href="links.html" target="iframe" alt="">
</map>

<div id="main">
  <div id="imm">[img]imgs/files_empty.jpg[/img]</div>
  <div  id="ifra">
    <iframe src="links.html" width="100%" height="100%" marginheight="0" frameborder="0" id="iframe" name="iframe" marginwidth="0" allowtransparency="true"></iframe>
  </div>
</div>
</body>
</html>
Sarebbero possibili altre soluzioni, ma dato che nella tua pagina usi div sovrapposti, lo stesso ho fatto io