Prova così...
Nel context.xml ti catalina o dell'applicativo inserisci l'attributo swallowOutput="true", ad esempio

<Context swallowOutput="true">

</Context>

Se non ricordo male (l'ho usato un pò di tempo fa) direziona le System.out.print sul log di catalina.

Comunque la soluzione ottimale è l'uso della Log4j.

Ciao.