Purtroppo invece non posso aiutarti, io non uso prodotti Microsoft, posso solo consigliarti di seguire una guida su server.html.it e comunque non capisco il tuo problema, nel senso che solitamente il MySQL dovrebbe essere sempre installato a parte proprio perché non influisce su queste cose
Forse la disinstallazione del vecchio modello di server non è andata a buon fine il che non mi meraviglia su sistemi operativi di Microsoft e forse da qualche parte il sistema punta ancora al vecchio, hai provato a fare un riavvio completo della macchina dopo la disinstallazione?