non credo sia un problema di aggiornamento

java in ubuntu 9.10 e all'ultima versione

è probabile che tu abbia installato firefox dal bin del sito e che questo non sappia dove prendere java.

in preferenze di firefox in applicazioni java e correttamente impostato?

ps: evita di installare software al di fuori dei repository se non strettamente necessario, sporca il sistema.