Per avere il conteggio relativo alle singole tabelle ti basta fare:

codice:
select substring_index(line,'-',1) as radice,
sum(if(dove=1,1,0)) as line_a,
sum(if(dove=2,1,0)) as line_b,
count(substring_index(line,'-',1)) as quanti from (
select line,1 as dove from tabella_a
union all
select line_mt,2 from tabella_b
) as tab
group by radice
having quanti > 3
Per quel che riguarda la stampa delle altre informazioni non ho proprio capito.
Per ottenere il conteggio devi necessariamente fare un raggruppamento, quindi cosa vorresti ottenere?