Devi inserire il return, se no continua a compilare il codice.
Con return ferma l'operazione. E confirm, la funzione apposita, fa il resto.
Codice PHP:
function confirmation() {
  return 
confirm("Sei sicuro di voler eliminare?");

e qui:
Codice PHP:
$self3 "[url="/$site4?idart=$i[idart]"]elimina[/url]"