Ci provo a scriverlo sul momento, magari sbaglio qualcosa.
Il bello di .net è che non ti serve vs.net
Se vuoi una applicazione windows devi ereditate la classe forms e da lì modificare la finestra di base, eccoti:
codice:
Imports System
Imports System.Windows.Forms

public class provaWin
   Inherits Form

   Public Sub New()
      MyBase.New()
      'elementi da disegnare
   End Sub

end Class

public class Prova
  Public Sub Main()
    Dim finestra as New provaWin
    finestra.ShowDialog()
  end Sub
end Public
Ora il codice va compilato con vbc.exe. Bisogna dirgli in quale classe si trova la sub Main() cioè la funzione principale che fa andare tutto.
vbc.exe /t:winexe /r:system.dll /r:system.windows.forms.dll /class:Prova file.vb

File vb è il codice sopra.
E' poco ma semplice per capire come funziona.

PS: non ricordo se l'opzione si chiama /class o qualcosa di simile, ma comunque nell'help di vbc ti dice tutto.

Dimmi se vuoi chiarimenti
Ciao