È la window.innerHeight che in Internet Explorer non esiste ma, a seconda della versione di Internet Explorer, al suo posto occorre usare:
per IE 6 la document.documentElement.clientHeight
per altri IE: la document.body.clientHeight

ho fatto una funzioncina, sulla base di qualcosa trovato su SanGoogle e la ho applicata:
vedi le parti in rosso


codice:
<script type="text/javascript" language="JavaScript">
<!--
var step = 10;
var ugostart = 5;
var ugoend = 80;
var clickstart = 500;
var clickend = 0;
var incrUgo;
var decrClick;
var ugosize;
var clicksize;

function getInnerHeight() {	
	var h;	
	if( typeof( window.innerHeight ) == 'number' ) {
	// Non - Internet Explorer
		h = window.innerHeight;
	} else if( document.documentElement && ( document.documentElement.clientWidth || document.documentElement.clientHeight ) ) {
	// Per Internet Explorer 6
		h = document.documentElement.clientHeight;
	} else if( document.body && ( document.body.clientWidth || document.body.clientHeight ) ) {
	// Per altri Internet Explorer
		h = document.body.clientHeight;
	}
	return h;
}

incrUgo = Math.round((ugoend-ugostart)/step);
decrClick = Math.round((clickstart-clickend)/step);

function start() {
	ugosize=ugostart;
	document.getElementById('ugo').style.height = ugosize * getInnerHeight() /100 + 'px';
	clicksize=clickstart;
	document.getElementById('click').style.fontSize = clicksize + 'px';
}

function clickstep() {
	step = step - 1
	if (step <= 0) {
		document.getElementById('enter').style.display ='inline';
		document.getElementById('step').style.display ='none';
		document.getElementById('click').style.display = 'none';
	}
	else {
		document.getElementById('step').innerHTML='-' + step;
		ugosize=ugosize+incrUgo
		document.getElementById('ugo').style.height = ugosize * getInnerHeight() /100 + 'px';
		clicksize=clicksize-decrClick;
		document.getElementById('click').style.fontSize = clicksize + 'px';
	}
}

//-->
</script>
HTH
Zappa