Innazitutto grazie della risposta
ho letto e visto esempi con il ThreadGroup, però a quanto ho capito dovrei creare dei gruppi di Thread (nel mio caso associati a singoli algoritmi) all'interno di di un metodo che ascolata un evento. il problema è che questi algoritmi vengono lanciati dalla mia applicazione in base a cosa leggo sui file xml quindi no è una gestione statica tipo:

Gruppo_A (alg_1, alg_2, alg_3)
Gruppo_B (alg_4, alg_5)
//quindi verrebbe una cosa del genere (secondo l'esempio che ti avevo proposto prima):
GruppoA.start()
new jframe
GruppoB.start()

pero la gestione della mia applicazione è "dinamica", quindi mi servirebbe capire come mettere una pasusa dopo un qualsiasi algoritmo, avviare una jframe, aspettare che si chiuda la jframe, ritornare al processo principale e continuare. Purtroppo non posso creare gruppi (credo :master: )
cmq grazie mille