Dipende se vuoi adeguare il tuo sito alle condizioni del visitatore (dimensione del px, qualita` del monitor, capacita` visive, ...) oppure se vuoi che il sito sia adeguato alla tua (del programmatore HTML) idea di pagina.

Un font dimensionato in px potrebbe non essere leggibile dal visitatore, ma da` meno problemi se il layout e` fisso. Pero` tieni presente che i browser moderni possono impostare una dimensione minima, per cui la definizione in px puo venir sovrascritta.

Viceversa un font in em (o in %, che e` la stessa cosa, ma non ha gli stessi problemi in IE) invece si adatta automaticamente alle impostazioni dell'utente. Se poi il layout e` fluido, non ci osno problemi di sistemazione