Si tratta di un esempio di interazione client-server.

Io ti consiglio di usare soap.
COsi' lato server ti mappi in un file wsdl tutte le funzionalita' mentre nel client java usi le lib per soap e richiami i metodi che hai a disposizione direttamente in remoto sul server.

Oppure dal java effettui una connessione diretta sul server con JDBC oppure usi qualche framework come hybernate.

Le soluzioni sono varie potresti anche fare delle httprequest da java ai relativi files php e gestire i dati con json,xml o altro formato.

Per me pero' la soluzione soap e' sempre la migliore

Dai un occhio qui :
soap
soap php
soap java