ti ringrazio Vincent.Zeno per la tua risposta (era proprio quello che speravo)

Però non mi è chiara una cosa, perdona la mia insistenza.
tu dici:
Codice PHP:
quello che conta è l'html prodotto dalla pagina, 
mie considerazioni:

- il browser interpreta l'include e genera una pagina che "sostituisce" l'html all'include
(risolvo tutti i problemi di accessibilità e ho un codice prodotto molto pulito)

Il mio cruccio rimane sui motori di ricerca:

- non capisco come un motore di ricerca possa interpretare l'include. Non pensavo che il motore di ricerca riuscisse a leggere il codice finale prodotto, ma soltanto quello usato per scrivere la pagina stessa (penso alle pagine realizzate con framework o iframe che generano un bad SEO)

Una volta digerito questo concetto molte cose avranno più senso.

(probabilmente mi hai già risposto, ma questa per me è una di quelle domande dove non vorresti mai avere più dubbi)

grazie ancora Vincent.Zeno!