guarda, più che Javascript devi utilizzare un modulo di apache chiamato mod_rewrite, che permette di riscrivere gli url in maniera diversa, per fare un esempio:

Tu hai l'host www.tuosito.it

Quando apri una pagina l'url diventa:

www.tuosito.it/index.php?page=pagina1

nel codice della pagina index.php farai un include "pages/page.".$_GET['page'].".php"; o qualcosa di simile.

chiaramente questo non è un url molto leggibile o intuitivo (dato che nella realtà le pagina si chiameranno in modo diverso).

Il questo senso mod_rewrite ti viene in aiuto dato che tu puoi definire una regola tale per cui il modulo esegua una trascrizione dell'url. Per fare un esempio banale:

codice:
#Accendo il "Motore"
RewriteEngine On

#Se il sito non è nella root dell'host ti conviene impostare il path di base da qui fare la riscrizione
RewriteBase /path

#Io userei solo le Regole ma tu puoi imporre anche delle condizioni tramite il ReriteCond

#Definisci una regola
RewriteRule ^pagina-con-nome.html$ index.php?page=pagina1
Se metti questo codice in un file chiamato .htaccess nella directory del tuo sito, e con il mod_rewrite abilitato per quella directory, inserendo www.tuosito.it/pagina-con-nome.html ti aprirà la stessa pagina di index.php?page=pagina1.