Io, lo farei in vettoriale da zero:



Una volta realizzato, studierei il layout e la dimensione che deve avere, i colori di background e le sfumature.
Una volta stabilito su carta e codice le linee guida decido in che formato esportare il logo e che grandezza dargli, una volta fatto questo, esporto in formato (gif, jpg o png) direttamente dal vettoriale esattamente come il logo dovrà essere inserito nel sito tramite i css e/o l'html.

Ciao