encoda solo quello che passi appeso all' url,
specifica il secondo parametro del window.open

var uri = "http://www.miosito.it/Miacartella/miasottocartella_frm.jsp?C="+encodeURIComponent(C) +"&variabileuno="+encodeURIComponent(Author)+"&var iabiledue="+encodeURIComponent(Title)+"&variabilet re="+encodeURIComponent(chapterTitle);

window.open(uri,"nomeFinestra");

ciao