Potrebbe essere un porblema di ftp, se hai password non troppo complesse potrebbero essere entrati da li.

Potrebbe altresi' essere un problema se hai procedure php che consentono di leggere/ scrivere su file.

Mi pare pero' che forse il problema potrebbe essere direttamente connesso al pc che usi per collegarti in ftp, se tale programma e' stato infettato da qualche virus puo' succedere che venga sfruttatto l'accesso che fai tramite il tuo client ftp per scaricare il file index modificarlo e sositituirlo a quello esistente.

Io ti consiglio di fare cosi :

1- esegui scansione con almeno un paio di antivirus e anti spyware/malware sul tuo pc.
2- invia un ticket ad aruba comunicando il problema.

Attendi i risultati e posta.