Puoi caricare una view all'interno di un'altra view esattamente come fai in un controller:

Codice PHP:
$this->load->view('header'); 
Comunque il problema specifico e' che stai usando un'URL nell'include invece di un path del filesystem locale, e il server ha disabilitato la possibilita' di includere file remoti. Peraltro dubito che funzionerebbe anche con allow_url_include visto che non dovresti poter accedere direttamente ai file sotto application.