In realta' quello che tu chiami problema (controllare direttamente i valori da inserire nelle query) e' il comportamento corretto, mentre il funzionamento generale (l'automatica aggiunta di backslash) e' il problema.

Abituati a verificare che i dati che tratti siano validi, e usa specifiche funzioni per renderli sicuri prima di usarli in una query (controllandoli direttamente a seconda dei casi ed usando una funzione come mysql_real_escape_string() per evitare problemi).