ci sono vari modi per gestire i siti in questo modo.
Probabilmente il concetto fondamentale è che le pagine non vengono create includendo frammenti di codice php tra il codice html, ma vengono gestite da uno script php, per intenderci qualcosa del genere:

codice:
<?
$html = "<html><head></head><body>Hello World!!</body></html>";
echo $html;
?>
in questo modo, richiamando dal browser lo script, viene creata una pagina html...

Diciamo che il metodo migliore non è questo, ma è per farti capire.

Per fare una cosa tipo quella del sito che segnali tu, basterebbe per esempio fare una cosa del genere:

codice:
<?
if ($_GET['page']=="nomepagina")
{
   $html = "<html><head></head><body>PAGINA 1</body></html>";

}
else if ($_GET['page']=="nomepagina2")
{
    $html = "<html><head></head><body>PAGINA 2</body></html>";
}
else
{
    $html = "<html><head></head><body>PAGINA INESISTENTE</body></html>";
}
echo $html;
?>
in questo caso lo script, a seconda della variabile che viene passata nell'url visualizza una pagina diversa...

spero di averti risposto correttamente