E` sicuramente preferibile un commento condizionale (CC) rispetto a JS.
Che poi molti dei CC sono oggi superati, dato che si riferiscono a browser non piu` supportati (IE5.5 e IE6).

Invece l'uso di JS impedisce il funzionamento dei menu se nel browser non e` abilitato (e ci sono varie motivazioni per cui non si abilita JS: accessibilita`, peso computazionale, velocita`)


Se in una applicazione "IE6 fa il bravo, ma altri browser no" c'e` sicuramente un errore di progettazione o di implementazione.

Comunque prima si deve far funzionare nei browser standard, e poi si puo` adattare alle versioni vecchie di IE (che poi se si usa una DTD Strict, l'adattamento e minimo).