Puoi fare cosi' per trasformare quella stringa in un array in cui associ numeri a nomi:

codice:
$stringa = "01(pippo),03(pinco),05(pallino),57(prova)";

preg_match_all('/(\d\d)\((.*?)\)/', $stringa, $match);

$output = array_combine($match[1], $match[2]);

print_r($output);
ma come salvi i dati nel database?