Credo che il problema sia questo:
il ciclo for è comunque un gruppo di istruzioni, dovresti mettere il segno ";" tra "tokens" e "delims".
for "tokens=1,3 delims=_" %i in (elencofile.txt) do echo %i %j

Ma non ne sono sicuro. Ho appena iniziato col C
Ma che è un programma per codificare, secondo un tuo codice, i nomi dei file?