mmmmm sarà ma io quando utilizzo query con l'operatore JOIN lo metto sempre in chiaro, sia esso naturale inner outer o altro.

Prova a scrivere così

Codice PHP:
$result mysql_query("
    SELECT T1.id, username, name 
    FROM tabella1 AS T1
    JOIN tabella2 AS T2 
    ON T1.id = T2.id"
); 

mi sono accorto ora che hai una virgola prima del FROM che dovrebbe farti andare in errore la query