Grazie Potacchione,

ma a costo di sembrarti un grandissimo ignorante...
Non ho capito cosa intendi.

se il link è "JS/prototype.js" non mi va automaticamente a cercare nella sottocartella "JS"??

la directory deve essere leggibile anche dall'utente IIS visto che mi sembra sia hostato su un windows server
Questo invece non l'ho capito , cosa intendi? Come posso sistemare il problema?

Serjo