Risolto.
Ho scritto così
"<?php
if ($_REQUEST['act']=="si") {
istruzione();
}else{
?>
<script language="javascript">
function rinnovaArgomenti(){
document.form.submit();
}
setTimeout('rinnovaArgomenti();',5000);
</script>
<?php
}
?>"

dove il valore di $_REQUEST['act'] mi viene passato da
<form method="post" action="mioform.php?act=si" name="form" onsubmit="return false">

Grazie per la dritta