Correggo.
Per fare in modo che venisse controllato con la relativa funzione solo il campo pieno, ho fatto così:

....
else if(iscrizione.partita_iva.value && !partitaIVA(iscrizione.partita_iva.value)) {
alert('Partita IVA errato');
iscrizione.partita_iva.focus();
return false;
}
else if(iscrizione.codice_fiscale.value && !codiceFISCALE(iscrizione.codice_fiscale.value)){
alert('Codice Fiscale errato');
iscrizione.codice_fiscale.focus();
return false;
}
.....