prova a spostare la cartella \data nel my.ini da:

#Path to the database root
datadir="C:/Documents and Settings/All Users/Dati applicazioni/MySQL/MySQL Server 5.1/Data/"

a

datadir="C:/Programmi/MySQL/MySQL Server 5.1/Data/"

Spostando ovviamente anche il contenuto con un copia incolla.

e nella sezione innodb aggiungi:

innodb_data_home_dir="C:/Programmi/MySQL/MySQL Server 5.1/Data/"

verifica cosa hai nell'attuale cartella \data

Potrebbe esserci un problema di permessi causato dall'installazione di mysql fatta con un utente senza privilegi di amministratore.