Non ho mai fatto cose del genere ma provo a buttarti un algoritmo a caso inventato al momento:

dovresti aggiungere 2 campi nel database, un campo che verifica l'attivazione (un flag sostanzialmente) e un campo che contiene una stringa generata casualmente dal sistema in fase di registrazione.
Dopodichè crei uno script che prenda in input 2 parametri, la mail e la stringa random, quando l'utente si registra gli mandi una mail dove inserisci il link di attivazione che richiama lo script che hai creato.
A questo punto lo script interroga il DB e se la coppiata mail-stringa random è corretta cambia il flag di attivazione in Attivo.