Dovrai usare due distinti script php: uno che genera la pagina ed uno che genera solo la tabella.

Il primo apre la pagina, definisce un div (id posizione e style) e chiama (setInterval()) tramite ajax il secondo script php, ponendone il risultato nel div sopra definito (innerHTML).

Il secondo script php manda in output solamente la tabella, senza tag html, head o body di sorta.

Ogni tot di tempo (definito in millisecondi in setInterval) ajax chiama il secondo script php che restituisce la tabella aggiornata, prende tale tabella e la piazza nel div a sostituire quella precedente.