dati a proposito della comparazione di prestazioni?
No, solo le mie esperienze dirette.

Poi anche il database accede al filesystem locale
Appunto. E'la sola cosa essenziale: accedere ai dati fisici.

inoltre ha meccanismi di caching e ottimizzazione
I meccanismi di caching o gli apt si basano appunto su file dove memorizzare i risultati delle query più comuni.
Anche il filesystem ha meccanismi di caching.

Su centinaia di righe è sicuramente vantaggioso usare un file locale. Forse anche per qualche migliaio di righe. Oltre, usare un rdbms è sicuramente più performante
Appunto: dipende da quanti e quali dati, nonchè da cosa si vorrà fare di loro.

nel caso di un popolamento di una select con una lista di options è meglio:

$risultato=mysql_query("SELECT * FROM tabella");
while($row=mysql_fetch_array($risultato)){
echo '<OPTION VALUE="'.$row["cosa"].'">'.$row["cosa"];
};

oppure

include("fileConListaDiTagOptionGiaCompilati.php") ;

ricompilando il file se e quando ci sono modifiche alle opzioni disponibili?