Ti converrebbe usare le sessioni.
Quando l'utente si collega (apre la prima pagina) non c'è nessuna sessione: allora lo loggi nel db ed inizi una sezione.
Se la sessione è già aperta non lo loggi.

Codice PHP:
$session_start();
if($_SESSION["marker"]!="Ok!"){
salva nel db il log di questo utente
$_SESSION["marker"]="Ok!";
}; 
Rivediti eventualmente il funzionamento delle $_SESSION .