Non ne capisco l'utilita' e l'unico inconveniente che vedo, e' che creando due database, sprechi dello spazio per la duplicazione delle tabelle di "sistema" delle due basi dati.

Se proprio devi suddividere le due applicazioni, cosa che non e' sbagliata in se (visto come e' strutturata), potrebbe essere piu' corretto creare due utenti per lo stesso database.

Comunque, fosse per me, utilizzerei un solo database ed un solo utente.

Pero' mi potrei sbagliare.
Aspettiamo qualcuno piu' esperto.