se è solo un problema di timeout, e non di riprendere il download, allora set_time_limit (se ti è concesso usarlo) lo imposti a 0 (che corrisponde a nessun limite, e non a tempo di esecuzione 0) e poi mandi lo script che forza il download del file.

Magari qualcosa di simile:
http://w-shadow.com/blog/2007/08/12/...load-with-php/