quindi, se ho capito bene, il tuo problema è relazionare (o far relazionare)
col DB MySQL.

joomla altro non è che un CMS in php.
utilizza lo stesso linguaggio per relazionare col DB
e nel contempo usi le relazioni SQL per la creazione/lavorazione dei dati.
se non sai o puoi modificare il CMS puoi creare pagine nuove.

non c'entra nulla (direttamnete) con HTML
non è un problema di esposizione dei dati

l'intefaccia è, ovviamente, in HTML.. (la "grafica", per intenderci)
ma il resto è lato server