Originariamente inviato da Attak
quella del file jar che viene prodotto.
No, dipende dal S.O. e dalle sue "associazioni" relative alle estensioni. Non c'è nulla che puoi fare da codice in Java o mettere nel jar per impostare questo solo su quel tuo jar.
Puoi creare un "collegamento" (secondo come permesso dal S.O.) oppure creare un eseguibile nativo che fa da "launcher" (e ci sono tools già fatti per questo) e su questi impostare una icona.