intanto il punto e' che se javascript non e' abilitato non puoi contare su soluzioni lato client per mostrare solo una porzione di un documento

avendo link che puntano ad un ancora del documento di per se' aiuta
certo che se via css nascondi questi contenuti non stai permettendo comunque all' utente di accedervi a javascript disabilitato
quindi risolvi nascondendo via javascript le parti che intendi mostrare nelle tue finestre, affinche' restino accessibili

pensare ad una soluzione piu' articolata per il caso specifico (mostrare solo parti interne al documento) non ha senso,
perche' fai prima a caricare comunque questi contenuti via ajax
e preventivare che lato server vengano forniti in documenti singoli qualora la richiesta non sia di tipo asincrono