Lo script(da browser) il processo gira con i permessi impostati in apache.

Prova a lanciare lo script(da browser)
Codice PHP:
echo exec('whoami'); 
Ti dovrebbe dire con che utente gira il processo.

Ci dovrebbe essere un modo per impersonificare un altro utente ... magari aggiungi un comando sudo all'exec.
Ma non ho esperienza in linux.