Non credo che il problema stia nell'accesso al db, ma nella quantità di codice html che il browser deve ricevere e visualizzare. Dovresti provare a rendere estremamente scheletrica la parte di codice html che viene ripetuta per ogni checkbox.
Al di là di questo poi ci sarebbero da fare delle considerazioni su quanto sia usabile per l'utente una pagina con 20.000 checkbox...