questo e' semplicissimo:

se sei gia in shell (eseguito il comando mysql e con il promt mysql>

scegli il database:

use tuo_db

Poi esegui:

\. il_path\nome_file.sql


se invece non sei in shell e non hai mysql nel path di sistema

portati nella cartella \bin di mysql ed esegui:

mysql --database=tuo_db < tuo_file -uroot -ptua_pwd

si spiegano da se, anyway... (tutto sulla stessa riga ovviamente):

dal prompt del dos invochi l'eseguibile mysql.exe
metti il nome del database da utilizzare
la direzione dell'input < (da file a database)
il nome del file con il suo path
-u nome user
-p la password

comunque trovi sul manuale altre indicazioni utili:

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...-commands.html